发酵初期(通常在1-3天)，肥堆中嗜温性微生物利用可溶性和易降解性有机物作为营养和能量来源，迅速增殖，并释放出热能，氨氮去除剂使肥堆温度不断上升。此阶段温度在室温至45℃范围内，微生物以中温、需氧型为主，通常是一些无芽胞细菌。微生物类型较多，主要是细菌、真菌和放线菌。其中细菌主要利用水溶性单糖等，放线菌和真菌对于分解纤维素和半纤维素物质具有特殊的功能。

　　当肥堆温度上升到45℃以上时，即进入高温阶段。通常从堆积发酵开始，只须2-3天时间肥堆温度便能迅速地升高到55℃，1周内堆温可达到值(温可达80℃)。嗜温性微生物受到抑制，嗜热性微生物逐渐取而代之。除前一阶段残留的和新形成的可溶性有机物继续分解转化外，半纤维素、纤维素、蛋白质等复杂有机物也开始强烈分解。在50℃左右进行活动的主要是嗜热性真菌和放线℃时，真菌几乎完全停止活动，仅有嗜热性放线菌和细菌活动;温度上升到70℃以上时，大多数嗜热性微生物已不适宜，微生物大量死亡或进入休眠状态。此时，产生的热量减少，堆温自动下降。当堆温降至70℃以下时，处于休眠状态的嗜热性微生物又重新活动，继续分解难分解的有机物，热量又增加，堆温就处于一个自然调节的、延续较久的高温期。

　　2)氮、C/N比及无机氮形态的变化：在发酵过程中部分有机碳将被氧化成CO2挥发损失，肥堆质量减少。由于氮的损失(主要是在有机氮的氨化阶段，少量的氨氮会挥发损失)远低于有机碳的损失，因此，发酵腐熟后，发酵中全氮含量有上升的趋势，而C/N比持续下降，直至稳定。氨氮去除剂一些研究指出，当堆料的C/N比从25～35:1下降至20:1以下时，肥堆将达到稳定。

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